(１) クラミジア・トラコマチス核酸検出
ア「２」のクラミジア・トラコマチス核酸検出と区分番号「Ｄ０１２」感染症免疫学的検査の「28」クラミジア・トラコマチス抗原定性を併用した場合は、主なもののみ算定する。
イクラミジア・トラコマチス核酸検出は、ＰＣＲ法、ＬＣＲ法、核酸ハイブリダイゼーション法、ハイブリッドキャプチャー法、ＳＤＡ法又はＴＭＡ法による同時増幅法並びにＨＰＡ法及びＤＫＡ法による同時検出法により、泌尿器、生殖器又は咽頭からの検体により実施した場合に限り算定できる。

(２) 淋菌核酸検出
ア「２」の淋菌核酸検出、区分番号「Ｄ０１２」感染症免疫学的検査の「33」淋菌抗原定性又は区分番号「Ｄ０１８」細菌培養同定検査（淋菌感染を疑って実施するもの）を併せて実施した場合は、主なもののみ算定する。
イ淋菌核酸検出は、ＤＮＡプローブ法、ＬＣＲ法による増幅とＥＩＡ法による検出を組み合わせた方法、ＰＣＲ法による増幅と核酸ハイブリダイゼーション法による検出を組み合わせた方法、ＳＤＡ法又はＴＭＡ法による同時増幅法並びにＨＰＡ法及びＤＫＡ法による同時検出法による。淋菌核酸検出は、泌尿器、生殖器又は咽頭からの検体によるものである。ただし、男子尿を含み、女子尿を含まない。なお、ＳＤＡ法、ＰＣＲ法による増幅と核酸ハイブリダイゼーション法による検出を組み合わせた方法又はＴＭＡ法による同時増幅法並びにＨＰＡ法及びＤＫＡ法による同時検出法においては咽頭からの検体も算定できる。

(３) 「４」のＨＢＶ核酸定量は、分岐ＤＮＡプローブ法、ＴＭＡ法又はＰＣＲ法による。

(４) 淋菌及びクラミジア・トラコマチス同時核酸検出
ア「３」の淋菌及びクラミジア・トラコマチス同時核酸検出は、クラミジア・トラコマチス感染症若しくは淋菌感染症が疑われる患者又はクラミジア・トラコマチスと淋菌による重複感染が疑われる患者であって、臨床所見、問診又はその他の検査によっては感染因子の鑑別が困難なものに対して治療法選択のために実施した場合及びクラミジア・トラコマチスと淋菌の重複感染者に対して治療効果判定に実施した場合に算定できる。
ただし、区分番号「Ｄ０１２」感染症免疫学的検査の「33」淋菌抗原定性、同区分「28」のクラミジア・トラコマチス抗原定性、区分番号「Ｄ０１８」細菌培養同定検査（淋菌及びクラミジアによる感染を疑って実施するもの）、本区分「２」の淋菌核酸検出又はクラミジア・トラコマチス核酸検出を併せて実施した場合は、主たるもののみ算定する。
イ「３」の淋菌及びクラミジア・トラコマチス同時核酸検出は、ＴＭＡ法による同時増幅法並びにＨＰＡ法及びＤＫＡ法による同時検出法、ＰＣＲ法による同時増幅法及び核酸ハイブリダイゼーション法による同時検出法又はＳＤＡ法による。淋菌及びクラミジア・トラコマチス同時核酸検出は、泌尿器、生殖器又は咽頭からの検体によるものである。ただし、男子尿は含み、女子尿は含まない。なお、ＴＭＡ法による同時増幅法並びにＨＰＡ法及びＤＫＡ法による同時検出法、ＳＤＡ法又はＰＣＲ法による同時増幅法及び核酸ハイブリダイゼーション法による同時検出法においては咽頭からの検体も算定できる。

(５) ＨＣＶ核酸検出
ア「７」のＨＣＶ核酸検出はＰＣＲ法又はＴＭＡ法により、Ｃ型肝炎の治療方法の選択及び治療経過の観察に用いた場合にのみ算定できる。
イ治療方法の選択の場合においては、抗体陽性であり、かつ、「10」のＨＣＶ核酸定量で検出限界を下回る者について実施した場合に算定できるものとし、治療経過の観察の場合においては、本検査と「10」のＨＣＶ核酸定量を併せて実施した場合には、いずれか一方に限り算定する。

(６) ＨＰＶ核酸検出、ＨＰＶ核酸検出（簡易ジェノタイプ判定）
ア「７」のＨＰＶ核酸検出及びＨＰＶ核酸検出（簡易ジェノタイプ判定）は、予め行われた細胞診の結果、ベセスダ分類上ＡＳＣ－ＵＳ（意義不明異型扁平上皮）と判定された患者に対して行った場合に限り算定できる。なお、細胞診と同時に実施した場合は算定できない。
イ「７」のＨＰＶ核酸検出とＨＰＶ核酸検出（簡易ジェノタイプ判定）を併せて実施した場合は、主たるもの１つに限り算定する。

(７) 「８」のインフルエンザ核酸検出は、インフルエンザの感染が疑われる重症患者のみに算定し、その場合には、当該検査が必要な理由について診療報酬明細書の摘要欄に記載すること。

(８) 抗酸菌核酸同定
ア「８」の抗酸菌核酸同定は、マイクロプレート・ハイブリダイゼーション法によるものをいう。
イ当該検査は、結核患者の退院の可否を判断する目的で、患者の病状を踏まえ頻回に行われる場合においても算定できる。

(９) 「８」の結核菌群核酸検出は、核酸増幅と液相ハイブリダイゼーション法による検出を組み合わせた方法、ＬＣＲ法による核酸増幅とＥＩＡ法による検出を組み合わせた方法又はＬＡＭＰ法による。
なお、結核患者の退院の可否を判断する目的で、患者の病状を踏まえ頻回に行われる場合においても算定できる。

(10) マイコバクテリウム・アビウム及びイントラセルラー（ＭＡＣ）核酸検出
ア「９」のマイコバクテリウム・アビウム及びイントラセルラー（ＭＡＣ）核酸検出は、他の検査により結核菌が陰性であることが確認された場合のみに算定できる。
イ区分番号「Ｄ０２１」抗酸菌同定と併せて実施された場合にあっては、主なもののみ算定する。

(11) ＨＣＶ核酸定量
ア「10」のＨＣＶ核酸定量は、分岐ＤＮＡプローブ法又はＰＣＲ法により、急性Ｃ型肝炎の診断、Ｃ型肝炎の治療法の選択及び治療経過の観察に用いた場合にのみ算定できる。
イ治療経過の観察の場合において、「10」のＨＣＶ核酸定量及び「７」のＨＣＶ核酸検出を併せて実施した場合は、主たるもののみ算定する。

(12) ＨＢＶ核酸プレコア変異及びコアプロモーター変異検出
ア「10」のＨＢＶ核酸プレコア変異及びコアプロモーター変異検出は、下記「イ」又は「ウ」に掲げる患者に対し、ＰＣＲ法により測定した場合に限り算定できる。
イＢ型急性肝炎患者に対しては、劇症肝炎が疑われる場合に限り、患者１人につき１回算定できる。
ウＢ型慢性肝炎患者に対しては、経過観察中にＡＬＴ異常値などにより肝炎増悪が疑われ、かつ、抗ウイルス薬等のＢ型肝炎治療薬の投与対象患者の選択のために行われた場合に限り算定できる。なお、本検査実施以降は、区分番号「Ｄ０１３」肝炎ウイルス関連検査のうちＢ型肝炎に関する検査（ただし、抗ウイルス薬等のＢ型肝炎治療薬の治療効果判定に用いる検査を除く。）は、算定できない。

(13) 「10」のブドウ球菌メチシリン耐性遺伝子検出は、ＥＤ－ＰＣＲ法又はＰＣＲ法により、血液培養により黄色ブドウ球菌が検出された患者を対象として測定した場合又は免疫不全状態であって、ＭＲＳＡ感染症が強く疑われる患者を対象として測定した場合のみ算定できる。

(14) ＳＡＲＳコロナウイルス核酸検出
ア「10」のＳＡＲＳコロナウイルス核酸検出は、ＬＡＭＰ法により測定した場合に限り算定できる。
イ本検査は、糞便又は鼻腔咽頭拭い液からの検体により行うものである。
ウ本検査は、「感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律第12条第１項及び第14条第２項に基づく届出の基準等について」（平成18年３月８日健感発第0308001号）による臨床的特徴、届出基準によりＳＡＲＳ感染症の患者であることが強く疑われる者に対して行った場合に、診断の確定までの間に１回を限度として算定する。ただし、発症後10日以内に他疾患であるとの診断がつかない場合は、さらに１回に限り算定できる。

(15) ＨＴＬＶ－１核酸検出
「10」のＨＴＬＶ－１核酸検出は、区分番号「Ｄ０１２」感染症免疫学的検査の「52」のＨＴＬＶ－Ⅰ抗体（ウエスタンブロット法）によって判定保留となった妊婦を対象として測定した場合にのみ算定する。本検査を実施した場合は、診療報酬明細書の摘要欄にウ エスタンブロット法による検査実施日及び判定保留である旨を記載すること。

(16) ＨＩＶ－１核酸定量
ア「11」のＨＩＶ－１核酸定量はＰＣＲ法と核酸ハイブリダイゼーション法を組み合わせた方法により、ＨＩＶ感染者の経過観察に用いた場合又は区分番号「Ｄ０１２」感染症免疫学的検査の「17」ＨＩＶ－１抗体、「18」のＨＩＶ－１，２抗体定性、同半定量、ＨＩＶ-１,２抗原・抗体同時測定定性、同定量、又は「19」のＨＩＶ－１，２抗体定量が陽性の場合の確認診断に用いた場合にのみ算定する。
イ当該検査と区分番号「Ｄ０１２」感染症免疫学的検査の「47」ＨＩＶ－１抗体（ウエスタンブロット法）を併せて実施した場合は、それぞれを算定することができる。

(17) 結核菌群リファンピシン耐性遺伝子検出、結核菌群ピラジナミド耐性遺伝子検出、結核菌群イソニアジド耐性遺伝子検出
ア「12」の結核菌群リファンピシン耐性遺伝子検出、結核菌群ピラジナミド耐性遺伝子検出及び結核菌群イソニアジド耐性遺伝子検出は、同時に結核菌を検出した場合に限り算定する。
イ「12」の結核菌群リファンピシン耐性遺伝子検出、結核菌群ピラジナミド耐性遺伝子検出及び結核菌群イソニアジド耐性遺伝子検出と「８」の結核菌群核酸検出を併用した場合は、主たるもののみ算定する。
ウ当該検査は、薬剤耐性結核菌感染が疑われる患者を対象として測定した場合のみ算定できる。

(18) ＨＰＶジェノタイプ判定 ア「13」のＨＰＶジェノタイプ判定は、あらかじめ行われた組織診断の結果、ＣＩＮ１又はＣＩＮ２と判定された患者に対し、治療方針の決定を目的として、ハイリスク型ＨＰＶのそれぞれの有無を確認した場合に算定する。
イ当該検査は、「７」のＨＰＶ核酸検出の施設基準を届け出ている保険医療機関のみ算定できる。
ウ当該検査を算定するに当たっては、あらかじめ行われた組織診断の結果及び組織診断の実施日、及び当該検査によって選択した治療法を診療報酬明細書の摘要欄に記載する。
エ同一の患者について、当該検査を２回目以降行う場合は、当該検査の前回実施日、及び前回選択した治療（その後通常の検診となった場合はその旨）を上記に併せて記載する。

(19) 「14」のＨＩＶジェノタイプ薬剤耐性は、抗ＨＩＶ治療の選択及び再選択の目的で行った場合に、３月に１回を限度として算定できる。

(20) 「４」の単純疱疹ウイルス・水痘帯状疱疹ウイルス核酸定量は、免疫不全状態であって、単純疱疹ウイルス感染症又は水痘帯状疱疹ウイルス感染症が強く疑われる患者を対象としてリアルタイムＰＣＲ法により測定した場合に、一連として１回のみ算定できる。